انسجاماً مع رسالة المعهد وتطلعاته فقد تم تحديد أهدافه على النحو التالي:
- نشر وتعميق ثقافة الحوكمة في المنشآت التجارية والمؤسسات الحكومية وغير الحكومية ذات العلاقة بالقطاع الخاص.
- تطوير الأطر القانونية والتنظيمية المتعلقة بالقضايا الاقتصادية، وتحسين أداء الأجهزة القضائية فيما يتعلق بحسم النزاعات التجارية.
- دراسة علاقات المؤسسات الحكومية مع القطاع الخاص، ومحاولة تطوير هذه العلاقات باتجاهات إيجابية تخدم المصلحة العامة وتدعم المبادرات الفردية.
- تعميق الوعي الضريبي لدى المكلفين بهدف تحسين المناخ الاستثماري من جهة وزيادة العائدات الضريبية من جهة أخرى.
- تسهيل الإجراءات المتعلقة بترخيص المنشآت التجارية ومزاولة العمل في فلسطين بحسب المعايير الدولية المعتمدة.
- القيام بدراسات ميدانية حول القضايا الاقتصادية ذات العلاقة، وطرح نتائج هذه الدراسات في ورش عمل تضم ممثلين عن الجهات ذات العلاقة.