انسجاماً مع رسالة المعهد وتطلعاته فقد تم تحديد أهدافه على النحو التالي:

1. نشر وتعميق ثقافة الحوكمة في المنشآت التجارية والمؤسسات الحكومية وغير الحكومية ذات العلاقة بالقطاع الخاص. 
2. تطوير الأطر القانونية والتنظيمية المتعلقة بالقضايا الاقتصادية، وتحسين أداء الأجهزة القضائية فيما يتعلق بحسم النزاعات التجارية.
3. دراسة علاقات المؤسسات الحكومية مع القطاع الخاص، ومحاولة تطوير هذه العلاقات باتجاهات إيجابية تخدم المصلحة العامة وتدعم المبادرات الفردية.
4. تعميق الوعي الضريبي لدى المكلفين بهدف تحسين المناخ الاستثماري من جهة وزيادة العائدات الضريبية من جهة أخرى.
5. تسهيل الإجراءات المتعلقة بترخيص المنشآت التجارية ومزاولة العمل في فلسطين بحسب المعايير الدولية المعتمدة.
6. القيام بدراسات ميدانية حول القضايا الاقتصادية ذات العلاقة، وطرح نتائج هذه الدراسات في ورش عمل تضم ممثلين عن الجهات ذات العلاقة.